La Jaugue est suivie par une station de mesure du réseau de l’Agence de l’Eau Adour-Garonne qui permet d’évaluer la qualité de cette masse d’eau.
L’état écologique est jugé médiocre en raison de quantité notable des paramètres : phosphore total et orthophosphate. L’état chimique est qualifié de mauvais en raison de rejets de macro-polluants issus d’activités industrielles non raccordées. En comparaison à l'état des lieux de 2013, l'état écologique c'est dégradé.
La campagne qualité de 2019 révèle les problématiques suivantes :
Le Fédération de pêche 33 suit deux points sur la Jaugue. La dernière donnée de 2015 donne un IPR de : 12,90 équivalents à un état BON pour la station aval. Quatre espèces piscicoles sont recensées : l'anguille, l'épinochette, le gardon, la perche commune et deux espèces invasives : écrevisse de Louisiane et perche soleil.
La note de l’IBD (Indice Biologique Diatomées) varie de 1 (mauvaise qualité) à 20 (très bonne). Ce sont de petites algues microscopiques, formées d’un squelette calcaire, qui se retrouvent dans toute la colonne d’eau. Elles permettent de connaitre finement la qualité de l'eau et du milieu par la grande diversité d’espèces et de condition de vie différentes et par son cycle de vie relativement court. L'analyse les conditions de vie de chacune a permis de construire un indice permettant une analyse fine des conditions présentes (et de passé récent) du cours d’eau.
Ce sont de petits organismes visibles à l’œil nu (taille > 0,5 mm) qui colonisent le fond des cours d’eau. Certains sont dits « polluotolérants » et d’autres sont au contraire « pollusensibles ». Plutôt sédentaires et souvent inféodés à certains substrats, ils sont représentatifs des conditions du milieu et constituent de bons indicateurs de la qualité de nos cours d’eau.
L’Indice I2M2 (Indice invertébrés multimétrique), exprimé en EQR (Ecological quality ratio) s’étend de 1 (peuplement conforme à la référence) à 0 (peuplement complètement perturbé).
Concernant les espèces indésirables, le linéaire est impacté par la présence forte de bambou et plus ponctuellement par de la renouée du Japon et de l’ailante. La présence de ragondin est également notée.
Concernant la continuité écologique, on retrouve plusieurs obstacles liés à la présence de Moulin, un ouvrage à marées qui limite la remontée de la Garonne et plusieurs ouvrages de franchissement impactants. Cela va de pair avec un constat majoritaire de linéaire de cours d’eau rectifier, c’est-à-dire, dont le tracé originel a été modifié.
Il est également constaté un nombre non négligeable d’arbres en travers ou d’embâcles. Sur l’impact qualitatif immédiat, plusieurs rejets domestiques sont recensés.