La résultante des multiples intéractions de l'eau sur le milieu physique crée une mozaique de milieux naturels très diversifiée, favorable à l'accueil et au développement de la vie. Cette intéraction, sans cesse évolutive, tend à atteindre des équilibres fonctionnels ou climax, en fonction de contraintes évolutives et/ou limitantes, s'ils ne sont pas perturbés par des évènements ou catastrophes naturelles, ou plus actuellement par l'Homme.
L'ensemble des différents facteurs conditionne les successions écologiques d'un milieu. Cela peut être la géologie qui pré-détermine la nature du sol et ainsi, les espèces qui peuvent s'implanter. Le climat et le cycle de l'eau, de la même façon, conditionnent la nature et l'évolution de ces milieux.
A l'échelle du cours d'eau lui-même, de "l'hydrosystème", la mozaique du milieu dépendra étroitement de la morphologie de la vallée et du lit ainsi que de la dynamique fluviale qui constitue un équilibre instable entre la force de l'eau et les sédiments charriés. Il en résultera toute une diversité d'habitats naturels interdépendants tels que les zones humides, les berges du cours d'eau, la ripisylve (la forêt qui borde les cours d'eau).
A cette logique naturelle, vient également se juxtaposer et intéragir, l'activité et la présence humaine. A la fois espèce du milieu et élément contrôle de l'ensemble de cette dynamique, l'Homme bénéficie de ses ressources et impacte également son équilibre. Il subit les aléas naturels du milieu (assec, inondations, érosion...) et aussi les conséquences de son propre impact (ruissellement, érosion, chaleur, pollution, pestes végétale et animale...).
Afin de concilier les activités et usages de l'Homme avec le milieu naturel, il est mis en place des zonages naturels de protection, afin de sensibiliser ou organiser plus judicieusement l'occupation du sol et intégrer les notions naturelles de continuité et de risque.
La nouvelle gestion des rivières :