Pour son fonctionnement, le Syndicat est régit par ses statuts.
Il assure son financement de deux façons :
Les cotisations des membres du Syndicat : à savoir Bordeaux Métropôle et les 4 Communauté De Communes couvertes par les bassins versants. Celles-ci sont calculées en fonction d’une clé de répartition de 4 facteurs :
Les subventions publiques de fonctionnement et d'investissement des différents partenaires :
En terme d'action, il est régie par le code de l'environnement et le code des collectivités publiques locales. Il se doit d'intervenir dans le cadre de l'intérêt général.
Les cours d'eau sous gestion du syndicat étant des cours d'eau non domaniaux, le programme d'actions doit faire l'objet d'une Déclaration d'Intérêt Général. Il s'agit d'une procedure administrative lors de laquelle le diagnostic et le programme de mesure proposé par le syndicat sont avalisés par les services de l'Etat et font l'objet, dans la majorité des cas, d'une enquête publique destinée à informer les gestionnaires de premier rang de la ressource que sont les usagers et les riverains.