les paramètres biologiques sont des indicateurs élaborés sur la base de connaissances très fines sur les besoins des différentes espèces animales ou végétales. En comparant le cortège théorique à celui observé, on peut en déduire des altérations du milieu, du fait de l'exigence forte ou de la tolérance de certaines espèces présentes ou absentes à certains paramètres. Par exemple, sur une rivière qui reçoit trop de nutriments on verra une partie des espèces attendues, absente, car celles-ci sont intolérantes stricte à la richesse des eaux. En parallèle, on verra apparaitre des espèces non attendues qui elles sont tolérantes à la présence de nutriment. L'analyse des populations en âge, en nombre d'individu, en biomasse, en état de santé, permettra selon la connaissance fine de leur biologie d'en déduire des conditions précises du milieu et de viser les sources de l'altération du milieu. De cette connaissance, il pourra alors être établi un diagnostic et des propositions de mesures pour atteindre le bon état. On trouve par exemple :
l'IPR, l'indice poisson rivière : Sa valeur est « 0 » quand le peuplement observé est en tout point égal au peuplement attendu. Les classes de qualité se répartissent de la façon suivante :