Les habitats naturels sont, pour les végétaux, des zones d'implantation préférentielles propre à chaque espèce, dont les critères peuvent être notamment (ou non d'ailleurs) : la nature du sol, le climat, l'hydrographie, la topographie, la concurrence en place, ...
Les habitats naturels sont, pour les animaux, l'espace nécessaire pour accomplir leur cycle de vie, il doit satisfaire sa reproduction, son abri, sa croissance et son alimentation. les critères peuvent être par exemple : la présence de points d'eau, de caches, d'arbres, de zones humides, de proies ou de végétation spécifique pour se nourrir.
On comprend à l'évidence que ces deux définitions se ressemblent et synthétisent l'adéquation entre le besoin de l'espèce pour se développer et les conditions du milieu présentes.
Ainsi, la qualité des habitats naturels se caractérise par la diversité des milieux naturels présents et de la continuité entre ces espaces. Plus cette condition est respectée, plus la biodiversité est forte, car en effet, les espèces en présence occupent une grande partie des niches écologiques (différentes possibilités de vivre), les interrelations et les dépendances sont maximisées dans une dynamique équilibrée dans le temps.
Plus la biodiversité est élevée plus l'écosystème est robuste, complexe. Cela signifie qu'un écosystème robuste résistera mieux à une perturbation qu'un écosystème simple car il possède en son sein plus de probabilité d'avoir des populations résistantes à la perturbation.
Attention toutefois à ne pas confondre un système robuste d'un système pionnier. Un système robuste se développe avec le temps et des conditions diversifiées. Il comporte des espèces très variables, fragiles et fortes dans un système complexe d'interdépendance. Un système pionnier est récent, il peut comporter une apparente biodiversité élevée, mais lorsque l'on y regarde de plus près, il s'agit en majorité de peuplement très résistants, de première implantation ou exogènes. Les interdépendances sont faibles hormis la concurrence spatiale. Ces systèmes sont observables à la suite de grandes perturbations.
Ainsi, pour caractériser la qualité des habitats dans un diagnostic de cours d'eau, plusieurs compartiments = habitats sont analysés afin d'identifier la capacité d'accueil et la qualité de l'eau et l'adéquation des populations en place.
Parallèlement, sont identifiés, les risques sur la vie anthropique = l'Homme. La nature n'a pas besoin de l'Homme pour exister et être en bon état. Par contre, l'Homme, oui. Il s'est logiquement établit à proximité des cours d'eau pour satisfaire ses besoins vitaux. Or, la nature n'est pas un long fleuve tranquille et de ses caprices réguliers, l'Homme moderne, en subit les conséquences. Afin de trouver le meilleur compromis entre existence paisible de l'Homme et fonctionnement des écosystèmes, la gestion intégrée des bassins versants à pour objectif de faire coïncider les deux.
Ainsi, par exemple, un amoncellement de bois dans le lit d'un cours d'eau qui ferait sans l'Homme contourner le lit du cours d'eau ou sur-inonder les parcelles avoisinantes, sera identifier et enlever dans le cas où il impacterait une zone d'habitation.