Si quelques secteurs restent très naturels avec de belles zones boisées humides sur son cours supérieur, les secteurs aval sont très anthropisés en raison de la traversée de zones urbaines. Les assecs importants, notamment sur la partie aval contribuent à la faible diversité effective d'habitat. Sur la partie amont plus naturelle, des poches d'eau résiduelles abritent une biodiversité étonnement remarquable.
Comme les autres bassins du SIETRA, le Nau est concerné par le site Natura 2000 de la Garonne dans sa zone de confluence, ZSC FR200700 « La Garonne ».