Le Grand Estey est suivie par deux stations dont les données servent à caractériser la qualité de l’eau et permettre le suivi et le rapportage à l’échelle nationale et européenne :
L’état écologique 2019 est jugé médiocre en raison des rejets de macro polluants issus de stations d’épuration industrielles, mais également par une altération forte de la morphologie du lit. L’état chimique est jugé bon.
Concernant la qualité piscicole, les pêches électriques conduites en 2017 par la Fédération de pêche 33, donnent globalement un bon état des peuplements. Toutefois, le Grand Estey présente un état moyen et le Jeanganne un état mauvais. En 2011 une campagne de l’OFB à inventorier la présence de lamproie de planer, que l’on retrouve sur tout le bassin versant.
Les campagnes caractérisant les Diatomées (indice IBD) sur le bassin sont plutôt bonne, traduisant un état trophique plutôt équilibré de la lame d’eau, tandis que l’indice I2M2 caractérisant les macro-invertébrés reste médiocre à moyenne dénotant des perturbations chroniques.