Le bassin versant de l’Artolie présente une diversité de milieux naturels et une richesse spécifique notable. Cela se traduit par la présence de ZNIEFF (Zones Naturelles d’Intérêt Ecologique, Floristique et Faunistique) de surface importante.
Comme les autres bassins du SIETRA, il est concerné par le site Natura 2000 de la Garonne dans sa zone de confluence : ZSC FR200700 « La Garonne ».