Il n’existe pas de station de mesure de débit sur ce bassin versant. Les modélisations pluie-débit peuvent être utilisées pour estimer les débits de crue (crupédix, Socose, Méthode rationnelle, ...). Il est aussi possible de rapporter les valeurs connues d'un bassin versant connu où il existe des chroniques de mesures pour les adapter à l'échelle du bassin considéré.
Sur la base de l’étude « schéma de prévention des inondations de la Pimpine », il est retenu à l’échelle du bassin les valeurs de pluie journalière suivantes : Pj 10 ans = 70 mm et Pj 100 ans = 103 mm.
Pour le Rouquey, le croisement des différentes méthodes d’estimation des débits donne un débit moyen décennal sur une pluie de 24 heures à 2.3 m3/s. (SEGI, croisement méthode Socose et Rationnelle)
A titre de comparaison, la Pimpine dont le bassin de forme allongée est de 52.5 km², Sur la base de l'étude « schéma de prévention des inondations de la Pimpine » les résultats avec le gradex brut, méthode plus sécuritaire et dont le ratio Q100/Q10 est identique à la valeur usuelle de 2, donne : Q10 = 17.5 m3/s et Q100 = 36 m3/s à l'exutoire
Pour les autres valeurs comparées à celle de la station de la Pimpine, le bureau d’étude SEGI donne le tableau suivant :
L’étiage est la période de l’année où les niveaux des cours d’eau et des nappes superficielles sont les plus bas. L’ensemble du secteur d’étude est classé en zone de répartition des eaux (ZRE3302 par l’arrêté préfectoral n°E2005/14 du 28/02/2005). Le Rouquey est vulnérable avec des linéaires souffrants de niveaux bas régulièrement.