Le Rouquey est un petit bassin versant rond de 2.1 km² en amont de la zone de palus. Toutefois son linéaire aval traverse la zone de palus sur plus de 2 km. En considérant cette partie aval, le bassin prend une forme relativement allongée.
Comme les autres bassins du SIETRA, il présente une zone amont plutôt naturelle et agricole avec de fortes pentes, puis traverse une zone urbaine en amont de la route Départementale D10 où il est fortement anthropisé puis rejoins la Garonne en traversant les palus où il est endigué et perché.